バージョン番号の振り方を調べていたら、GitHub推奨の セマンティック バージョニング（Semantic Versioning） を見つけることができました。
今後はその仕様どおりバージョンを振っていこうと思いつつ、自分が忘れないように簡単なメモを書いてみました。
著者
セマンティック バージョニング著者は、GitHub共同設立者の Tom Preston-Werner さんでした。TOML という設定ファイルの作者だったりもします。
概要・要約
次のように採番するみたいです。
メジャー.マイナー.パッチ
それぞれの番号は半角ピリオドで区切られます。バージョン（番号）の上げ方は、要約するとこんな感じみたいです。
将来性
現在も似たような採番ルールにしているソフトも多い気がします（ルールを合わせやすそう）。また、GitHub のリリースページ（バージョンの入力欄あり）では、下の画像ように Semantic versioning の記載があります。
今後、GitHub を利用している多くのソフトウェアが準拠していくのではないか（or すでに準拠している）と思っています。
補足
開発の初期段階
メジャーバージョンがゼロ（0.x.y）の場合は、開発初期段階と考えるようです。API は安定してなくて、いかなる変更も起こりうる感じです。
アルファ版・ベータ版
アルファ版（例：1.0.0-alpha）や、ベータ版（例：1.0.0-beta）の採番方法も、セマンティック バージョニングのページ に記載されていました。